Josef Popp (farfar till den nuvarande ägaren och VD:n professor Dr. Michael A. Popp) grundade Bionorica den 13 maj 1933, och registrerade "distributionen av kemisk-farmaceutiska preparat" vid Nürnberg Trade Supervisory Office. Han började sälja de första växtbaserade läkemedlen och nästan 400 olika sorters te. Josef Popp förblev chef för företaget i tolv år fram till 1945 då hans dotter Erna tog över ledningen.
Tillsammans med sin bror Dr. Hans-Oskar Popp lade hon grundstenen för Bionorica. Under 1970- och 80-talen fortsatte företaget att växa kraftigt. Forskningen blev allt viktigare och Bionorica blev ett av de första läkemedelsföretagen som började testa växtbaserade läkemedel i kontrollerade dubbelblinda studier.
Professor Dr Michael A. Popp tog över ledningen av Bionorica-produktionen år 1988. Samtidigt flyttade företaget från Nürnberg till Neumarkt i södra Tyskland. Året därpå blev professor Popp även verkställande direktör för Bionorica GmbH. Apotekaren, då 29 år gammal, fortsatte att styra företaget inom samma inriktning som sina föregångare men med ytterligare ett steg inom områdena odling, analys, farmakologi, toxikologi och kliniska prövningar. Syftet var att fortsätta leda Bionorica på sin väg att skapa världsomspännande standarder inom fytomedicin.
Bionorica började marknadsföra sin internationella verksamhet genom ett aktivt samarbete med nationella och internationella försäljningspartners.
1996 var ett höjdpunktsår för Bionoricas forskning. Forskare upptäckte nämligen vissa farmaceutiska effekter av ängssyra, jordviva och järnört. Ett år senare blev Sinupret® och Sinupret® forte nyregistrerade i Tyskland. 2001 omvandlades Bionorica till ett publikt aktiebolag. Företagets formel för framgång – kombinationen av fyto (grekiska för växt) och engineering (användning av den senaste forskningen och innovativa teknologier) resulterade i begreppet fytoneering – en kombination av växternas läkningsförmåga och den mest moderna produktionen.
I september 2003 firade Bionorica 70 år. Efterfrågan på fytoläkemedel började växa kraftigt över hela världen. I juli 2007 invigde Bionorica sin nya administrationsbyggnad i Neumarkt. Det nya huvudkontoret har kommit att bli en av de mest hållbara administrativa byggnaderna i Europa och därigenom ett uttryck för bolagets företagsfilosofi. 2010 blev Bionorica ett europeiskt aktiebolag. Samma år fick sortimentet en ny förpackningsdesign i en steg-för-steg-process. Företagets logotyp (ett grönt blad inbäddat i en blå färgcirkel) introducerades. Ett år senare översteg Bionorica (nu SE) 1 000 anställda. Per den 31 december 2011 ökade koncernens omsättning till 172,1 miljoner euro.
Hösten 2012 lanserades Sinupret®-extrakt. Det bidrog väsentligt till att Bionoricas omsättningsmål på 200 miljoner euro överstegs för första gången samma år. 2014 lanserades Sinupret®-extrakt i ytterligare tio länder. Canephron® fortsatte också sina framgångar och blev marknadsledande i Tyskland 2014. Under 2014 öppnade Bionorica upp nya marknader i bland annat Kina och Turkiet. År 2017 lanseras Sinuxol på den svenska marknaden, som är motsvarigheten till Sinupret®-extrakt.